南投縣共有十三處古蹟，這次地鎮中受損的有七處，修復經費要二千七百萬元，比起一般民宅，古蹟的創傷還不算太重，相形之下，以南投陶為主流的藝文界則破聲倒聲四起，災情嚴重。
南投縣十三處三級古蹟中，有許多是石碣古蹟，再大的強鎮也撼動不了，其他類型古蹟則難免破損；南投市藍田書院才花數千萬元修復不久，這回正殿廂房牆壁等破損，破裂的白牆露出土埆塊，碎瓦滿地，一塊碑銘斷成三截；草屯鎮登瀛書院中脊牆壁嚴重損壞；草屯鎮燉倫堂牆壁損壞塌陷；草屯鎮龍德廟圍牆倒塌．牆壁嚴重龜裂；集集鎮明新書院圍牆倒塌，牆壁嚴重龜裂，惜字亭倒塌，碎石成堆；竹山社寮敬聖亭倒塌；鹿谷林鳳遲舉人墓園欄倒塌，舉人旗竿台龜裂；加上早年被車撞毀的鹿谷聖蹟亭，八處修復經費共需二千七百餘萬元。
縣史館伍德電屋頂瓦片剝落，典藏陶藝品受損嚴重，全縣唯一的陶棺被震破了；南投市牛運堀有六家南投陶窯廠房全倒；兩家舊陶場轉型成功的集集添興窯和水里蛇窯，也都在地震中嚴重受損。南投陶窯場正著手重建，添興窯和蛇窯也在地震後重新站起來。
許多陶藝家中所陳列的作品，也都在地震中摔下破裂，損失慘重。
連本來廢棄，已轉換成集集鎮觀光景點的十三目仔窯，在地震中坍陷
，煙囪也短了一截，留下模糊的十三目仔窯殘形。