斷層線的隆抬，強震的錯動，沒有鋼筋的堤防及圳溝，或列或崩，破
壞嚴重，包括濁水溪ˋ清水溪ˋ貓羅溪ˋ烏溪等主要河川，平林溪ˋ清水溝溪等各地要河川，堤防護岸莫不崩裂坍塌。治山防洪崩塌裸地暴増，更隱藏了極大的危機。排水溝及灌溉用的水圳也多崩陷，防洪及灌溉功能毀於一夕間；若非適逢秋冬休耕期，農業損失將難以估計。
依據成功大學的研判，震央區共有一二二處土石堆積區，南投縣舊站一Ｏ八處，其中又可能誘發土石流的地點有七十七處，分別在國姓ˋ中寮ˋ信義ˋ竹山ˋ埔里ˋ鹿谷ˋ水里ˋ集集及草屯。
又依水土保持局的統計，九二一地震後全國新增加的崩塌地有二三六五處，南投縣舊有一四Ｏ一處，中寮十八個村都在二六Ｏ個崩塌地土石威脅中；國姓有二Ｏ四處，竹山一八六處，埔里一八四處，水里一一一處，信義九十四處，魚池八十九處，鹿谷八十處，名間五十八處，集集四十八處。
最大的崩塌地則是南投ˋ台中交界的九九峰，崩塌面積廣達五千九百公頃。
其他大面積的崩塌地，國姓鄉九份二山以一八Ｏ公頃，排名全國第三
，信義鄉神木及望鄉一五四公頃排第五，竹山鎮杉林溪一四Ｏ公頃排第六
，信義鄉人和村一Ｏ五公頃排第七，竹山坪頂瑞竹九十七公頃排第九；全國十大崩塌地南投縣占了六席；崩塌處也佔了六成；不愧為震央災情。
崩塌地裸露的土表以及山腳下堆積的土石，都潛藏著土石流的危機，再與寄來臨時，伺機而動；春雨後果然傳出嚴重的土石流災害。
行政院水土保持局和南投縣政府所呈報的野溪治理等災害復建工程，共有二九九件，經費要十億餘元。其中最嚴重的中寮鄉，光是縣府的部分就有六十八件，占總數的三分之一以上。
農田水利的水圳損壞的多達五十餘條，最嚴重的草屯新北投圳的修復經費就要一億元，龍泉圳隧道及幹線要三千二百萬元，茄老媽祖圳渠首也要二千七百萬元，埔里守成圳也要一千三百萬元，農田灌溉系統幾乎全遭破壞，休耕無可避免。
信義鄉潭村山坡滑動，一面籃球場地面裂成碎片，專家建議潭南村遷村才安全。