經過救災與安置期後，救援團體並沒有撤走，反而更積極地協助災民重建家園，「房子倒了可以在建更好的」南投人堅韌與信心不變，義工志工們更為堅定。從政府到民眾，同心協力，重建家園，迎接千禧年。
慈濟團隊首先與縣政府簽約為災區民眾興建組合屋，這支素有訓練的團隊，有組織且井然有序的集合ˋ分工ˋ分組進行著，慈誠隊負責蓋房子
，師姐們的香積隊負責烹煮熟食和點心以最迅速的時間完成任務，計在南投ˋ埔里ˋ集集ˋ中寮ˋ國姓ˋ魚池ˋ南投等地興建三百七十餘棟；長榮運輸三百餘棟的貨櫃屋，分送到埔里ˋ南投ˋ草屯ˋ竹山ˋ中寮，並供秀傳醫院開辦貨櫃醫院。
其他如國際華光功德會中華總會也爭取日本組合屋在埔里等地組裝；華夏塑膠ˋ大陸工程公司ˋ東海大學ˋＴＶＢＳ關懷台灣基金會的協助也都深入到災區；世界展望會也在信義與埔里適時提供協助。
到十二月中旬為止，全縣組合屋的供需品都仍在持續增加中，預計需求數將會在三千八百棟以上。
政府單位也承擔了重建的工作，高雄市政府在竹山國小四興建一百五十棟；高雄縣政府送了八棟貨櫃屋到草屯雙冬安置災民；營建署ˋ公共工程委員會分別在南投ˋ埔里ˋ草屯ˋ魚池ˋ水里興建一批。
陸軍工兵屬官兵也出動，在明德營區內興建百戶的馨園五村，於耶誕夜交屋，讓災民備感溫馨。
就臨時安置屋的興建部分，整體而言，國軍出力最多，全南投三千八百多戶臨時屋，國軍就蓋了近一千七百戶，國軍每天動員五百至七百千次
，在各鄉鎮市全面主導臨時屋的興建，為了讓災民及早有棲身之所，國軍還常常漏夜趕工。其次則是慈濟功德會，慈濟的師兄師姐們以車輪戰，以人海戰術，很快就完了將近一千一百戶大愛屋，災民們都體會了慈濟人窩心的大愛。