車籠埔斷層待在名間火車站東方約六百公尺處橫過集集之線鐵路，造
成三．五公尺的路形隆地，在十一到十二公里段，鐵路有多處受到嚴重的毀損，錯動的地貌造成鐵路扭曲ˋ或呈九十度彎曲ˋ或隆起懸空；龍泉月台部分下陷；油車坑段有坍方及落石，掩蓋鐵道，沿線盡是慘不忍睹的景象。
鐵路局嘉義工務段即著手規劃復建案，並於十二月二日起展開施工，希望於八十九年三月可恢復全線通車或至少通到集集鎮。工務段指出，下陷的土地可以高低法彌補，易落石段可施做假隧道強化安全性。
但是就在鐵路局積極進行的同時，名間鄉地方卻出現希望能保留濁水溪的奇景，做為永久的紀念，主張支線改道。行政院重建委員會也同意地方的看法而列入保留段，使鐵路局相當為難，因為更改路線不僅涉及都計變更，也會波及私有土地，勢必引發抗爭。可是集集鎮民則熱切盼著火車快飛火車快飛，才能恢復集集小鎮好不容易掙來的榮景。
集集鐵路由彰化二水至水里的車程，全長二十五點八公里，民國九年間電力公司為載運鉅工發電廠的重機具等材料開闢了五分仔鐵路，十一年
，台鐵才與已洽購以輕軌ˋ二節式小火車轉型為客運小火車，多年來鐵路局一直認為二節車廂的營收與成本不成比例，除了廢除各站售票制還表示有意停駛。但近年來綠色隧道帶來了商機，假日加掛到第五節還告客滿，盛況空前。
集集火車站也在地震中傾斜四十五度，梁柱門窗毀損，幾乎是毀掉了集集大半的商機，集集站檜木材質而古樸的造型，是吸引都會區遊客關鍵之一。當年還是從楊梅站改建時拆移到集集的，全省如此典雅的小站只剩新埔ˋ追分ˋ日南ˋ保安等海線與集集山線五個小站了。
目前文建會ˋ九二一文化資產重建聯盟ˋ工會與鐵路已組成火車站及文化空間重建委員會，將就原有形貌與建材傳統技法來復建集集火車站。