短短十餘秒的震撼，不論才完工數年的新校或是百年老學校，教室ˋ
校園ˋ活動中心，都難逃世紀之震，受創嚴重，全縣一百八十二所國民中小學校，三十所學校瞬間夷為平地，半倒也有三十二所，倒塌的教室二八九八間，這還不包括十餘所高中職以上學校在內．堪稱南投教育史上最大的災難。許多教室都一樓不見了，二ˋ三樓還完好，有的更是三樓疊成三明治，大家慶幸，還好地震不是發生在上課時間．否則災情不堪設想。
縣境唯一的國立暨南大學雖然也有不少大樓判為危樓，但比之縣內其他國中小學的全倒半倒，只能算是皮肉之傷，該校卻演出師生集體避遷臺北戲碼，終於引致李家同校長辭職的餘波。南開工專行政大樓受創嚴重，卻很快復課。幾所高中職校也受重創，遂於斷層帶附近的中興高中，科學館ˋ專科大樓數十間教室全都倒塌，女生宿舍也毀損嚴重，大門卡住，當晚靠校長曾景賢夫婦及男生宿舍的同學，同心協力，撕裂被單當繩梯，才把女同學救出；雖然很快的復課，教室也獲得教育部補助經費補強，但中程的重建計畫二億三千萬經費尚在核定中。
車籠埔斷層帶正冲的草屯商工，前排教室包括行政院辦公室ˋ兩棟電腦教室與女生宿舍俱毀，圖書館和行政大樓脫節；校長張振葉雨幾名住宿學生，從縫隙中救出被困的住宿女生；學校雖有簡易教室應急，但已不能原地重建，正進行遷移到新庄的計畫。
南投高中ˋ南投高商與竹山高中的教室ˋ軟硬體設施等，都有受損或倒塌須拆除重建。
國中小學的部分有三十所全毀，三十二所是半倒狀態，需要重建或整修的達一百四十餘所，光是教室便有二八九八間倒塌重建，八三八間待修建，電腦砸了二三三一台，各項教學ˋ視聽ˋ給水ˋ圖書設備毀損嚴重，活動中心必須重建的有十六棟，初步估計教育復建經費達七十四億元。
很多高齡學校的校舍都難逃一劫，百年老學校埔里國小就倒了一一四間同在埔里的南光國小教室也倒了九十四間，已有八十五年的新庄國小三排教室全毀，八十三歲的中寮國小也毀了，營盤國小也只賸下活動中心；水里新山國小學童後來暫時與魚池光明國小一起上課；位於震爆點的南港ˋ北山ˋ港源國小都是教室倒塌的命運。
三十所國中只有鳳鳴ˋ三光兩所學校教室沒事，最嚴重的埔里國中倒了九十二間，旭光國中倒七十一間，中興國中倒七十二間，大成國中倒六十四間，水里國中倒六十間，宏仁國中倒五十六間ˋ鹿谷國中倒四十八間
，集集國中倒四十五間，延和國中倒四十間，中寮國中倒三十七間ˋ國姓國中倒三十六間，社寮鄉倒三十間，爽文國中倒二十七間ˋ瑞峰國中倒二十九間，信義國中倒十六間，鹿谷ˋ信義國中都有遷校的構想。倒塌的教室多呈波浪狀，中寮國中及社寮國小攤平狀的，情形較少。
斷層帶上的強烈運動，固然是多數教室傾倒的主因，學校建築教室是加蓋新教室的的阿公背阿孫建築結構，乃至於有無偷工減料，都是各界所值質疑的。
教育當局也在地震後，針對面對學校安全結構不放心的議題，重新規範。