九二一地震對南投產業的傷害，是空前的，包括工業ˋ農業加工ˋ農產ˋ生產設施ˋ公共造產事業等，損失估計超過百億元。
南投縣境產業損失最大的為南投和埔里酒廠；南投酒廠緊鄰斷層線，震後引發爆炸，有五個貯存白蘭地九的九庫失火，染紅半邊天，損失超過四十億元；數年前該廠也發生爆炸案，這次災難損失空前嚴重。埔里酒廠的紹興酒庫區受創較嚴重，數棟酒廠傾斜也破損，酒罈落滿地，酒香飄散埔里，令人欲酔；愛蘭白酒區損失輕微，也沒有爆炸的問題；全廠損失也有數十億元。
農業部份，作物被害面積六八六一公頃，折算無收穫面積一九一二公頃，損失十一億餘元；農業設施水池配損三五Ｏ二座ˋ溫室網室毀損十二公頃，損失一億八千餘萬元；農田埋沒流失一千餘公頃，損失八億餘元；林業損失五千餘萬元；家禽死亡七十五萬之畜牧損失三億餘元；水土保持損失將近十億元；農路損壞二十七億餘元；加上其他設施等合計農業損失七十五億餘元。
就單項作物論，茶葉是損失最重的農業，除了製茶廠倒塌受損，茶園也處處崩塌，減產一半，損失以億元計。鹿谷農會廳舍及發售廠的傾倒，十餘年的努力幾乎一夕間全毀。
香蕉的具體損失，看似僅各青果合作社的集貨廠倒塌，實際上，香蕉災害，除了山崩掩埋之外，根莖受損的減產也相當嚴重。
水圳崩壞，無水灌溉的問題，可能延續到八十九年春耕，是農民最關心的。
草屯鎮農會南埔穀倉之傾倒，是農會硬體設施損失較大的，名間農會的穀倉也受損嚴重，米糧無處貯存；幸而對白米生產的影響不大。
工業部分，全縣最大的南崗工業區有四十餘家廠商受創，連同竹山ˋ埔里及零星的工業廠區，全縣共有四十八家工廠全倒，一百四十家半倒，原料成品半成品損失五百家，損失金額估計超過三十億元。
公所公共造產的納骨塔和市場也有不同程度的損失，最嚴重的集集鎮懷恩堂尚未啟用就倒塌，鹿谷鄉銘恩堂ˋ中寮鄉十五公墓納骨塔ˋ草屯加老山納骨塔也都倒了；其餘納骨塔也多少受損。南投ˋ集集市場已拆除，埔里市場ˋ東埔旅遊中心等龜裂。