一向是南投縣經濟指標的觀光業，地震災情慘重，風景區的景觀受創ˋ設施毀壞外，提供服務的一百多家登記有案旅館，三分之二受重創，只有三分之一安全無虞，仍維持慘淡經營。受到大小創傷的七十四家旅館飯店，初步預估重建復建經費至少在十五億元以上。
南投縣觀光業的火車頭是日月潭，地震後的日月潭潭水依舊，硬體設施卻重創，水社牌樓和鄰近飯店大多垮了，德化社八角碼頭幾乎斷頭，日月潭的地標光華岛垮了，岛上月下老人亭倒伏，龍柏多傾斜，玉岛祠紀念碑也移位，風光不再；有紀念意義的舊涵碧樓完了，文武寺受損嚴重，玄奘寺等也都難全身而退。這一震，光華倒ˋ也成歷史，岛名改為拉魯［ＬＡＬＵ］。
溪頭森林遊樂區到災後三個月，還無法開放營業。同地區的杉林溪森林遊樂區則因道路嚴重塌方，直到災後三個月仍為脫困。鳳凰谷鳥園行政區被巨石所埋，商街陷落塌裂，鳥園區也多處破損。
玉山國家公園玉山主峰登山步道有八處坍方，棧道毀損或大石當道；受損園區封山數月，玉山千禧年迎矚光活動不得不取消。東埔往關高得八通關古道更有五十餘處坍塌。
埔里近郊觀音瀑布入口溪谷，為山崩落石所埋，瀑布主體尚存，卻不復昔日風采。
竹山沙東宮後，頗有歷史傳說趣味的照鏡亭，擁有全國最大的銅鏡，也在地震中塌垮。
民營遊樂區的龍頭一九族文化村受損不重，也休業了一段時間。在九九峰對面山上的荷蘭度假村，幾乎全部被土石所掩埋。
全縣登記有案的旅館計一一三家，歇業的有八家，全倒的十六家，半倒有五家，建物等受損與龜裂的有五十三家，受損家數達百分之六十六，而無安全之虞仍在營業的只有三十一家，只佔百分之十五而已。沒有半喇登記的則有九十九家，雖然沒有安全之虞，但受到客觀環境等影響停業的卻有五十五家，歇業的七家，全倒有五家，半倒的兩家，建物等受損的有十二家，受損金額二億餘萬元，僅有十八家是安全無虞。兩者的重建金額約十七億餘元，對觀光的打擊只能以沉痛來形容。
不少業者都急於搶修後重新開幕，但是部分業者受到建物嚴重龜裂與地基下陷或經濟等影響，已無力重建，有些則至少要花兩年的時間才能正式營運。
十三個鄉鎮市中，儘管草屯鎮有部分地段位於斷層帶上，但很幸運的只有紐芬堡一家汽車旅館十三個房全毀，其餘儘管均未受損且已在營業中
，但是未登記的就沒有那麼幸運了。埔里鎮十七家登記的旅館，只有天一大飯店一家倖免於難，其餘業者的建築物都出現龜裂現象，修復經費更是從二百萬元到六千萬元，且至少要半年才能恢復營運。南投市十二家已登記的旅館，僅綠園汽車旅館是安全的，其他不是搶修中就是以註銷或歇業
。竹山鎮道路隆起得厲害，但仍有七家是安全的，其他多數在修復中。
信義與仁愛鄉擁有溫泉的絕佳觀光資源，前者受損的幾家屬於輕微，只有一家重建約二年，其餘已恢復；為了招徠遊客，多數已優惠價歡迎賞梅兼泡湯。仁愛鄉除了惠蓀林場國民旅社楓林小屋全倒，交誼廳與餐廳也有受損重建外，其餘各家都是安全的。不過兩鄉未登記的旅館都暫時未營業。
魚池鄉日月潭週邊的旅館損失更慘，十七家毀了十五家，天盧ˋ涵碧樓ˋ九龍ˋ鑽石樓都全毀，其餘也都或多或少受損修復中。
遭到如此重大的損失，業者擔心整體觀光業不知何時才能恢復，更擔心客源流失，從此一蹶不振，為此政府已積極展開協助重建觀光業計畫，鼓勵全國旅遊業者舉辦災區一至二日遊，期早日重振南投縣觀光與遊憩活動。
日月潭光華島的龍柏因強震而傾斜，由潭面眺望，一幅災後的悲涼。