南投縣有三三六家寺廟，在九二一大地震中全倒的有四十八家，絆倒三十八家，損失四十七家；一一一所教堂全倒十三所，半倒八所，毀損十九所依附在一般住家的神壇坍倒者不計其數；即使是香火鼎盛的寺廟，亦難逃世紀之災的浩劫，輕者敗停或涼亭塌倒，重者整座廟為之坍塌，神明也遭斷頭之劫。
縣內各寺廟中，倒的整座也最有形的當屬集集鎮八張里的武昌宮，花費六萬元興建的整座廟完整地陷落，一樓部分消失，就像廟宇琉璃閣樓蓋在地面，集集鎮公所已提出保留設置地震紀念據點的計畫。距離震央不遠的集集媽祖廟廣聖宮，整座廟夷為平地，則堪稱毀損最徹底的。
南投ˋ埔里ˋ竹山的媽祖廟也都同時受到嚴重的損壞，南投市四合一的媽祖廟災後立刻重建修復，為三個月已完成部分，堪稱神速；埔里各寺廟也快速收拾殘局；竹山連興宮媽祖廟則暫時已竹竿撐著，等待修復的時機。
中寮鄉白額嶺天恩宮從主殿至兩側廂房，全部傾斜或下陷，也是全部不堪使用的較大規模寺廟之一。就在澀子坑山走山區山背後的中寮鄉心佛寺，地藏壇城全垮外，室外的大坐佛像及壇城兩側守護神，都斷了頭，密宗寺廟的災況特異。
結構較輕的天主教和基督教教堂，這次受損也不輕，有十三所全倒，信義鄉壇南村基督教堂，柱裂牆倒地板斜的災況，僅冰山之一角。
若以金額論損失；日月潭文武廟的埔里鎮靈儼山為最，寺方提出貸款的申請額度，高達六億元；日月潭文武廟涼亭及谷樓坍倒，內部損壞嚴重
，也需要二億五千萬元經費修復；其他需要一億元修復費的有名間鄉白毫禪寺ˋ埔里鎮玉佛寺，南投市慈善宮也要二千六百萬元的修復費。在十二月底前提出的二十家寺廟重建貸款需求，就高達十三億五千萬元。
災情之最，連寺廟都需要組合屋安置，包括魚池文殊院ˋ埔里玉佛寺白毫禪寺等十二家寺廟，共提出六十二間組合屋的申請。
不僅比丘和廟祝等出家修行者有待安置，許多寺廟的神明也得在臨時篷或專砌屋躲雨避風，人神一起落難。